Existe uma certa polêmica em relação à ortografia do termo, devido às inúmeras convenções utilizadas para a transliteração de idiomas. As grafias atualmente propostas aparecem em quase todas as variações possíveis: yoga, yôga, yóga e por fim ioga - única que é considerada ortograficamente correta na língua portuguesa. A forma mais popularmente adotada no Brasil é yoga.
Na pronúncia do termo sânscrito योग , lê-se YÔG, ouve-se a primeira e segunda letras (considerando a palavra transliterada para o alfabeto latino) soando rapidamente, o Ô fechado com uma leve prolongação. O G é soado rapidamente, quase mudo.
Já no Brasil, a divergência fonética é sobre a letra O, alguns pronunciam YÓGA, já outros preferem aproximar da pronúncia original e pronunciam YÔGA.